2013年1月17-18日，土壤与农业可持续发展国家重点实验室学术年会在南京土壤研究所召开。

    2013年2月25-28日，由中国土壤学会主办、中国科学院南京土壤研究所土壤与农业可持续发展国家重点实验室承办的“微生物生态研讨会暨生物信息分析培训”于南京召开。

    2013年5月11日，土壤与农业可持续发展国家重点实验室第三届第三次学术委员会会议在南京土壤研究所圆满召开。

    2013年5月22-24日，土壤与环境分析测试中心《同位素质谱分析技术和稳定同位素示踪技术》系列讲座之一《同位素质谱分析技术》在南京成功举办。

    2013年8月28-29日，土壤与农业可持续发展国家重点实验室召开了夏季研讨会。

    2013年9月8-10日，由中国科学院、国家自然科学基金委员会联合主办，土壤与农业可持续发展国家重点实验室承办的“土壤结构及其生态功能”国际研讨会在南京土壤研究所成功召开。

    2013年11月8日，中国科学院南京土壤研究所建所60周年庆祝大会隆重举行，来自国内外的各界嘉宾与南京土壤所职工、离退休老同志、研究生近400人欢聚一堂，共同庆祝南京土壤所60周年华诞。

    2013年11月30日-12月1日，土壤与环境分析测试中心顺利通过国家实验室认可及计量认证复评审。