2005年12月30日，中国科学院计任通字【2005】8号文，任命沈仁芳研究员为土壤与农业可持续发展国家重点实验室主任，任命周健民研究员为实验室学术委员会主任。
2006年2月23日，土壤研究所科宁壤【2006】9号文，任命周东美、徐华为土壤与农业可持续发展国家重点实验室副主任，任期同实验室主任。
2005年实验室发表论文
Peng XH Zhang B Zhao QG et al.. Soil strength characteristics along an arable eroded slope. Pedosphere 2005.6 (15): 739-745
Du ZY Zhou JM. A simple procedure to study the movement of fertilizer P in soil microsites. Agrochimica 2005.3-4 (49): 112-117
Meng L Ding WX Cai ZC. Long-term application of organic manure and nitrogen fertilizer on N2O emissions soil quality and crop production in a sandy loam soil. Soil Biology& Biochemistry 2005.11 (37): 2037-2045
Yin YF Cai ZC Lu J. Relationship between light and heavy fractions of organic matter for several agricultural soils in China. Journal of Environmental Sciences-China 2005.6 (16): 17-920
Gao L Zhou JM Yang H et al.. Phosphorus fractions in sediment profiles and their potential contributions to eutrophication in Dianchi Lake. Environmental Geology 2005.7 (48): 835-844
Zhou DM Deng CF Cang L et al.. Electrokinetic remediation of a Cu-Zn contaminated red soil by controlling the voltage and conditioning catholyte pH. Chemsphere 2005.4 (61): 519-527
Wang K Shi XZ Yu DS et al. Environmental factors affecting temporal and spatial dynamics of soil erosion in Xingguo County South China. Pedosphere 2005.5 (15): 620-627
Wang YJ Zhou DM Sun RJ. Effects of phosphate on the adsorption of glyphosate on three different types of Chinese soils. Journal of Environmental Sciences-China 2005.5 (17): 711-715
Zhou DM Deng CF Alshawabkeh AN et al.. Effects of catholyte conditioning on electrokinetic extraction of copper from mine tailings. Environment International 2005.6 (31): 885-890
Zhu AN Zhang JB Zhao BZ et al.. Water balance and nitrate leaching losses under intensive crop production with Ochric Aquic Cambosols in North China Plain. Environment International 2005.6 (31): 904-912
Zhang GL Yang FG Zhao YG et al.. Historical change of heavy metals in urban soils of Nanjing China during the past 20 centuries. Environment International 2005.6 (31): 913-919
Chen GY Yong ZH Liao Y et al.. Photosynthetic acclimation in rice leaves to free-air CO2 enrichment related to both ribulose-1 5-bisphosphate carboxylation limitation and ribulose-1 5-bisphosphate regeneration limitation. Plant and Cell Physiology 2005.7 (46): 1036-1045
Du ZY Zhou JM Wang HY et al.. Effect of nitrogen fertilizers on movement and transformation of phosphorus in an acid soil. Pedosphere 2005.4 (15): 424-431
Li JY Hua QX Tan JF et al.. Mineral coated fertilizer effect on nitrogen-use efficiency and yield of wheat. Pedosphere 2005.4 (15): 5 26-531
Liu B Zeng Q Yan FM et al.. Effects of transgenic plants on soil microorganisms. Plant and Soil 2005.1-2 (271): 1-13
实验室通过验收
2005年8月5日实验室通过了国家科技部组织的验收
李家洋副院长、张桃林副省长考察南京土壤所FACE研究基地
4月24日，中国科学院副院长李家洋和江苏省副省长张桃林一行来到江苏省江都市，考察了那里的中国科学院南京土壤研究所FACE研究基地。
在该基地，李家洋副院长、张桃林副省长等首先听取了项目负责人朱建国研究员关于中国FACE研究的工作进展汇报。随后，大家来到田间，现场观看了FACE 研究平台的运行情况。在现场，李家洋充分肯定了FACE研究是一项具有基础性和前瞻性的重要研究工作，并希望通过学科交叉，进一步凝炼科技目标，做出对预 测未来粮食生产和环境变化具有重要决策参考价值的系列成果。张桃林表示，在江苏开展具有中国特色的FACE研究具有重要的意义，地方各级政府部门将全力为 中国FACE研究平台的正常运行创造良好的条件和环境。
据悉，大气中二氧化碳浓度的逐渐升高不仅影响着全球气候变化，而且也将对人类的生存环境产生重大影响，由此引起了各国科学家乃至各国政府的广泛关注和高度 重视。为了模拟未来大气中二氧化碳浓度升高条件下对陆地生态系统的影响，近年来在美国、日本以及欧洲一些发达国家开展了以FACE(Free-Air Carbon dioxide Enrichment)技术为手段的研究工作。我国作为一个农业大国，开展FACE研究不仅可以为国家制定粮食安全保障对策提供科学依据，而且也可为我国 政府争取环境外交主动权做出贡献。为此，南京土壤所在中国科学院、国家自然科学基金委员会的支持下，通过与日本农业环境技术研究所合作，于2001年建成 了世界上首个稻-麦轮作条件下的FACE研究平台。该研究平台置于田间敞开体系下，包括3个二氧化碳浓度升高的FACE圈和3个作为对照的控制 圈，FACE圈内二氧化碳的浓度始终保持比周围大气平均高200ppmv。中国FACE研究平台自建成运行以来，已经吸引了国内外众多科学家前来开展多学 科的研究工作，并已取得了多项阶段性研究成果。
中科院资环局副局长刘健，中科院南京分院院长严寿宁、江苏省科技厅副厅长王秦、南京土壤所所长周健民、党委书记林先贵以及扬州市、江都市的有关领导一同参加了考察活动。
南京土壤所周健民被增补为全国政协委员
2005年2月28日，经政协第十届全国委员会常务委员会第八次会议审议通过，周健民等80人被增补为政协第十届全国委员会委员。
周健民现为中科院南京土壤所所长、中国土壤学会理事长，同时还担任农工民主党中央委员会委员、农工民主党江苏省副主委以及江苏省人大常委会委员等职。
稻田温室气体排放研究成果获江苏省科技进步一等奖
经江苏省人民政府批准，189项最新研究成果日前被授予2004年度江苏省科技进步奖，其中由南京土壤所主持完成的“中国稻田生态系统温室气体（甲烷和氧化亚氮）排放规律研究”成果荣获一等奖。
大气中温室气体浓度持续升高导致的全球变暖问题已经引起各国政府和普通民众的关注，控制温室气体排放量成为各国环境外交争论的焦点。我国是一个水稻生产大国，稻田面积约2300万公顷，水稻产量约占世界总产量的36%，而稻田生态系统又是影响温室气体排放的重要的源，因此我国稻田甲烷的排放状况就成为国际上关注的热点之一。为了摸清我国稻田生态系统甲烷、氧化亚氮等温室气体的排放规律，南京土壤所蔡祖聪、邢光熹等研究人员历时10余年的潜心研究，阐明了我国稻田生态系统甲烷排放的时空变化规律，证明了冬季土壤水分状况是控制我国稻田甲烷排放的主导因素以及稻田生态系统对排放氧化亚氮的重要性，并在国际上率先提出了稻田生态系统中甲烷和氧化亚氮排放的相互消长关系。
在弄清稻田生态系统甲烷和氧化亚氮等温室气体排放规律的基础上，蔡祖聪、邢光熹等研究人员还对我国稻田生态系统甲烷和氧化亚氮的排放总量进行了科学估算，其中估算出的我国稻田生态系统甲烷排放总量远低于有关国际组织早期所确认的估算值，从而使得国际上对全球稻田甲烷的排放量有了新的认识，并为我国开展环境外交提供了有利的科学依据。该项研究成果还提出，减少冬灌田面积、冬灌田垄作、南方多雨地区冬季充分排水都能显著地减少稻田生态系统甲烷排放量。
稻田温室气体排放研究成果获江苏省科技进步一等奖
经江苏省人民政府批准，189项最新研究成果日前被授予2004年度江苏省科技进步奖，其中由南京土壤所主持完成的“中国稻田生态系统温室气体（甲烷和氧化亚氮）排放规律研究”成果荣获一等奖。
大气中温室气体浓度持续升高导致的全球变暖问题已经引起各国政府和普通民众的关注，控制温室气体排放量成为各国环境外交争论的焦点。我国是一个水稻生产大国，稻田面积约2300万公顷，水稻产量约占世界总产量的36%，而稻田生态系统又是影响温室气体排放的重要的源，因此我国稻田甲烷的排放状况就成为国际上关注的热点之一。为了摸清我国稻田生态系统甲烷、氧化亚氮等温室气体的排放规律，南京土壤所蔡祖聪、邢光熹等研究人员历时10余年的潜心研究，阐明了我国稻田生态系统甲烷排放的时空变化规律，证明了冬季土壤水分状况是控制我国稻田甲烷排放的主导因素以及稻田生态系统对排放氧化亚氮的重要性，并在国际上率先提出了稻田生态系统中甲烷和氧化亚氮排放的相互消长关系。
在弄清稻田生态系统甲烷和氧化亚氮等温室气体排放规律的基础上，蔡祖聪、邢光熹等研究人员还对我国稻田生态系统甲烷和氧化亚氮的排放总量进行了科学估算，其中估算出的我国稻田生态系统甲烷排放总量远低于有关国际组织早期所确认的估算值，从而使得国际上对全球稻田甲烷的排放量有了新的认识，并为我国开展环境外交提供了有利的科学依据。该项研究成果还提出，减少冬灌田面积、冬灌田垄作、南方多雨地区冬季充分排水都能显著地减少稻田生态系统甲烷排放量。
蔡祖聪被授予首届“中国土壤学会奖”
为促进我国土壤科学事业的发展，鼓励中青年土壤科学工作者勇攀科学高峰，中国土壤学会于2002年设立了“中国土壤学会奖”。经专业委员会推荐，授予蔡祖聪等四人首届“中国土壤学会奖”。
江苏省委领导看望慰问南京土壤所赵其国院士
2月2日下午，中共江苏省委副书记冯敏钢、省委常委、组织部长王国生一行专程来到南京土壤所，看望慰问赵其国院士。
在赵其国院士家中，冯敏钢副书记首先代表江苏省委、省政府向赵其国院士拜年，感谢在苏院士为科学事业发展和地方经济建设所做出的重要贡献。在交谈中，赵其国院士向冯敏钢副书记等省委领导汇报了近期开展的一些科研和咨询工作情况，对江苏省多年来对院士们所给予的关心和照顾表示衷心的感谢。
南京分院副院长张兴中以及南京土壤所党委书记林先贵等陪同冯敏钢副书记一行参加了慰问。
